Funcția de secretar general al Instituției Prefectului, creată pentru a asigura un filtru de legalitate între politicul de la prefectură și administrația locală, este subminată de un sistem de numiri temporare. În ultimii cinci ani, premierii au emis 293 de ordine pentru exercitarea cu caracter temporar a acestei funcții în cele 42 de prefecturi din țară. Din 42 de județe, doar unul, Timiș, are un secretar general numit conform legii, fie prin numire directă de către premier, fie prin mobilitate.
Sistemul actual permite ca aceiași funcționari să rămână în funcție ani de zile, deși deciziile de numire sunt reînnoite la fiecare șase luni. În 16 prefecturi, aceeași persoană ocupă postul „temporar” de peste patru ani, fenomen ilustrat de cazul din Bihor, unde Tibor Feneși a primit 12 decizii succesive din mai 2021. În prezent, 32 de prefecturi utilizează acest mecanism de interimat, în timp ce alte nouă nu au deloc un secretar general desemnat.
În unele județe, funcția este complet vacantă de ani de zile, afectând controlul legalității actelor emise de primării. La Mureș postul este vacant din mai 2022, iar la Gorj nu există un secretar general din mai 2022 până în octombrie 2026. Județul Dâmbovița nu a avut niciodată un secretar general de la înființarea funcției în 2021, iar în astfel de cazuri, atribuțiile sunt îndeplinite de șeful compartimentului juridic, care poate fi membru de partid.
Codul Administrativ prevede că numirea temporară este o excepție, aplicabilă doar dacă, din motive obiective, funcția nu poate fi ocupată prin mobilitate. Totuși, înalți funcționari publici care îndeplineau condițiile, precum inspectorii guvernamentali, au fost ignorați. Zoltán Györke, președintele Asociației Inspectorilor Guvernamentali, a trimis opt cereri către premier fără niciun răspuns, deși este înalt funcționar public din 2008 și de trei ori subprefect al județului Cluj.
Dependența de „pixul premierului” creează un risc major de politizare a controlului de legalitate. Un secretar general numit temporar depinde la fiecare șase luni de o nouă decizie, ceea ce poate influența capacitatea sa de a ataca actele primăriilor conduse de același partid cu prefectul. Lilian Onescu a susținut că menținerea interimarilor permite prefectilor numiți politic să își pună propriile oameni în funcții, evitând astfel selecția prin mobilitate a funcționarilor de carieră.
Această situație a apărut după ce, în 2021, Guvernul Cîțu a transformat prefectii în demnitari politici, permițându-le statutul de membri de partid. Înainte de această schimbare, conform angajamentelor față de Uniunea Europeană, prefectii și subprefectii erau înalți funcționari publici neutri din punct de vedere politic. Această reformă a necesitat crearea funcției de secretar general pentru a menține un echilibru administrativ și a respecta cerințele Comisiei Europene.